突然，受到从时空门出现的敌人袭击的宝太郎及其同伴们。被迫陷入苦战之中，察觉到敌人从未来传送过来…！为了守护现在与未来，宝太郎与凛音穿越时空前往荒废的未来。在那里的是昔日从困境中拯救宝太郎等人，掌握着故事的关键，“20年后的宝太郎”，假面骑士歌查德黎明骑士的身姿。...

寻找101体〈Chemi〉！ 　　新骑士是操纵卡片的〈炼金术师〉！！ 　　【假面骑士Gotchard】9月3日诞生！！ 　　101张卡片进行形态变换！？ 　　高中生一之濑宝太郎，前所未见的冒险故事。 　　围绕著人工生命体Chemi的战斗开始！！...

所谓“炼金术”，即通过不同组合产生“金”的技术。人工孕育“生物”的尝试亦作为神秘研究之一，种种实验将在不为人知的现代为舞台展开故事。本故事的关键在于纠合了炼金术中最高技术的产物“人工生命体（怪物）Chemy”，作为被保管在名为“Ride Chemy Card”的卡牌之中的101个生命体，Chemy为模仿蚱蜢、SL（蒸汽火车）等世上存在的万物所制造。　　但是，本应被慎重保管着的它们却突然从卡牌中冒出...